Toilet merupakan fasilitas vital di berbagai tempat terutama di Sekolah. WC murid disediakan oleh pihak Sekolah untuk dimanfaatkan murid untuk tempat membuang kotoran (feses dan air seni) dan keperluan lainnya. Atas dasar tersebut maka MTs PSA Nurul Amal juga telah menyediakan toilet untuk siswa dan juga Dewan Guru.