Laboratorium IPA MTs PSA Nurul Amal memiliki ruangan yang representatif yang cukup luas digunakan untuk pembelajaran sains tiap kelas. Dilengkapi dengan desain meja yang mendukung untuk pembelajaran praktek sains secara berkelompok.
Laboratorium ini juga dilengkapi wastafel untuk memudahkan pengambilan dan pembuangan air yang diperlukan ketika praktikum sains. Peralatan penunjang pembelajaran, antara lain: